Сухости этих пустынь немало содействует и то, что воздушные массы, поступающие сюда в северо-западном потоке, т. е. из более прохладных широт в более теплые, прогреваются и тоже удаляются от насыщения, хотя и не беднеют влагой. Они проносят ее над пустынями в скупых облаках, не проливая из них ни капли, и лишь южнее или восточнее, встречаясь с горами и поднимаясь по их склонам, охлаждаются и отдают влагу. В пустыни она приходит уже в виде ручьев и рек, сбегающих с гор.
Поверхностный сток местных вод в пустынях, как правило, отсутствует: ведь испаряемость здесь в 7—10 раз больше, чем количество выпадающих осадков. Таким образом, оросителями-наших пустынь служат горные хребты Средней Азии и Перед-неазиатских нагорий, и только пустыням Прикаспия несет воду Волга, питаемая главным образом реками равнины. Одни реки, пришедшие в пустыню с гор, например Чу, Теджен и Мургаб, иссякают в песках, теряя воду на испарение, фильтрацию в грунт и орошение полей, другие прорезают пустыни насквозь и заканчиваются в озерах, например река Или — в озере Балхаш, Амударья и Сырдарья — в Аральском озере-море.
Вдоль таких чужеродных транзитных рек через пустыни тянутся полосы ярко зеленеющих возделанных оазисов и диких, густых, как джунгли, зарослей — тугаев, состоящих из тополя, лоха, ясеня, кустов тамарикса (гребенщика), ивняка. В тугаях иной, чем за их пределами, и животный мир. Находясь в их чаще, трудно себе представить, что неподалеку вокруг до самого горизонта раскинулась пустыня...
Климат пустынь поражает крайностями. Это самые светлые и жаркие зоны нашей страны: число солнечных дней здесь достигает 200. Температура воздуха может доходить до 50°, а поверхности темного песка — до 70° и даже 90° (на скатах, перпендикулярных солнечным лучам). В таком песке пекутся яйца и разогревается обед, а многие животные, но успевшие достаточно быстро пробежать по раскаленной поверхности, погибают от ожогов п перегрева. Влажность воздуха в летний зной может понижаться до 14%.
Зимой наряду с континентальностью положения на климате наших пустынь сказывается и доступность их вторжениям холодного воздуха из Сибири и Арктики, поэтому здесь не редкость резкие похолодания с морозами, а на севере и со снежными буранами. Но такие похолодания обычно не длительны, а в оттепели почва успевает увлажняться и промываться.
В этих зонах бывают и дожди; в южных пустынях — периодически, зимой и весной, в северных — в любое время года, но эпизодически, от случая к случаю. В общем за год выпадает от 60 до 175 мм осадков, в том числе немного в виде снега.
В сухое время особенно остро проявляется физическое выветривание — растрескивание, крошение и шелушение горных пород.